De analógico a digital (II)

¿Cómo interactúo con imágenes estructurales?

Las imágenes que genera la MR son unos archivos en 3D (como hemos visto en la página anterior, en realidad son un montón de imágenes 2D concatenadas). Al igual que para imágenes en 2D estaréis acostumbrados a formatos de archivos como .png, .jpeg o .gif, el formato más común para imágenes en 3D se llama Nifti y la extensión es .nii. Además, como estos archivos suelen ser grandes, es muy común (y recomendable) que nos los encontremos comprimidos. Puede que ya hayas trabajado antes con archivos comprimidos en .zip o en .rar (si no sabes qué es un archivo comprimido, mira esta web); los archivos de RM suelen comprimirse con Gunzip y la extensión es .gz. La mayor parte de programas de análisis de este tipo de datos hacen una descompresión automática al abrirlos, así que no tienes que preocuparte por descomprimirlos tú. Tanto en esta asignatura como al usar datos que te encuentres por la web, la extensión más común para archivos de MR es nii.gz.

Para visualizar y analizar estas imágenes, utilizaremos ITK-SNAP, una herramienta de código abierto que permite:

  • Visualización 3D interactiva
  • Segmentación manual y semi-automática
  • Navegación por cortes anatómicos
  • Ajustes de contraste y brillo

Para abrir un archivo nii.gz, solo tenemos que seleccionarlo, hacer click con el botón derecho, darle a “abrir con…” y seleccionar ITK-Snap de la lista de programas. Alternativamente, puedes abrir ITK-Snap primero, y pinchar en “Open image…” y de ahí, buscar el archivo en tu ordenador.

Interfaz de ITK-Snap

Prueba a abrir las imagenes que puedes encontrar en esta ruta:

~/carpeta-en-tu-ordenador/materiales_nanif/session-1/template_space-mni_res-3_brain.nii.gz.

Una vez abierta la imagen, puedes explorarla de varias maneras:

Ajustes de visualización

  • Brillo y contraste: En el menú “Tools” > “Image Contrast” (o Ctrl/Cmd + I) puedes modificar estos parámetros para ver mejor las estructuras cerebrales.
  • Centrarte en una vista: Puedes centrar la interfaz del programa en las diferentes vistas pinchando en las letras A, S y C (axial, sagital y coronal) junto a cada ventana; para volver al panel de visualización de las tres vistas, pulsa en el icono con cuatro cuadrantes arriba a la derecha.

Orientación en el espacio

Recuerda que las imágenes de MRI siguen convenciones neurológicas de orientación:

  • Izquierda-Derecha: En las vistas axial y coronal, el lado izquierdo de la imagen corresponde al lado derecho del cerebro.
  • Anterior-Posterior: La parte superior de la vista axial es la parte anterior (frontal) del cerebro.
  • Superior-Inferior: En las vistas coronal y sagital, la parte superior de la imagen es la parte superior del cerebro.

Dedica un tiempo para familiarizarte con la navegación en el espacio 3D y para identificar estructuras anatómicas principales como el cuerpo calloso, los ventrículos y la corteza cerebral. ¿Qué diferencias ves entre las dos imágenes? ¡Vamos a hacer una demo juntos!

Tabla resumen

Aspecto Detalles
Formato de archivo Nifti (.nii), comúnmente comprimido (.nii.gz)
Herramienta ITK-SNAP (código abierto)
Funcionalidades - Visualización 3D interactiva
- Segmentación manual/semi-automática
- Navegación por cortes
- Ajustes de contraste/brillo
Vistas principales Axial, Sagital, Coronal
Orientación - Izquierda/Derecha: convención neurológica
- Anterior (frontal)/Posterior
- Superior/Inferior

En la siguiente sección aplicarás todo esto ¡a tu propio cerebro!